IAIN Kudus menyelenggarakan Audit ISO 21001:2018 yang dikoordinasi oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) IAIN Kudus. Audit ISO 21001:2018 merupakan standar internasional yang disusun oleh International Organization for Standardization (ISO) sebagai panduan untuk sistem manajemen organisasi pendidikan. Standar ISO 21001:2018 disusun khusus untuk organisasi pendidikan mulai dari sekolah dasar hingga universitas dan lembaga pelatihan lainnya. Standar ini bertujuan untuk meningkatkan proses pembelajaran, hasil pendidikan, dan membantu organisasi pendidikan dalam meningkatkan kualitas layanan pendidikan melalui manajemen yang efektif dan efisien.

Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam mendapatkan kesempatan audit tahap kedua pada tanggal 15 Oktober 2024 setelah tahap I pada tanggal 17-18 September 2024 yang lalu. Kegiatan audit dilaksanakan di ruang meeting fakultas yang dihadiri oleh Auditor ISO, sedang dari fakultas dihadiri oleh Dekan, Wakil Dekan I, Wakil Dekan II, Kabag, Kasubag, Kaprodi dan Sekprodi PPI, Kaprodi dan Sekprodi PMI, dan tendik. Auditor menanyakan beberapa hal terkait dengan pelayanan di fakultas, diantaranya website di beri List MoU-MoA, SOP disesuaikan dengan kenyataan, misal sudah digital maka juga ada keterangan yang menjelaskan tentang hal tersebut. Usai kegiatan, Auditor meminta untuk mengirimkan data dukung dibutuhkan.